Penemuan hypergate di Bulan pernah memungkinkan umat manusia untuk berteleportasi ke Mars. Mereka yang memilih untuk menetap di sana menemukan teknologi yang jauh lebih maju daripada yang ada di planet asalnya, yang mereka beri nama "Aldnoah." Penemuan ini berujung pada berdirinya Kekaisaran Vers di Mars dan deklarasi perang melawan "Terran", yaitu mereka yang tetap tinggal di Bumi. Namun, sebuah pertempuran di bulan-yang kemudian disebut "Kejatuhan Surga"-menyebabkan hypergate meledak, menghancurkan bulan dan membuat kedua planet melakukan gencatan senjata yang tidak mudah. Namun, perdamaian mereka sangat rapuh. Lima belas tahun kemudian, seorang siswa SMA, Inaho Kaizuka, menyaksikan rencana pembunuhan terhadap Putri Kekaisaran Vers, Asseylum Vers Allusia, yang datang ke Bumi dengan harapan dapat memperbaiki hubungan antara kekaisaran dan tanah airnya. Gencatan senjata hancur, dan orang-orang Mars menyatakan perang terhadap Terran sekali lagi. Menghadapi musuh yang tidak dapat diatasi ini, Inaho dan teman-temannya sekarang harus bertempur melawan Kekaisaran Vers untuk menyelesaikan perang untuk selamanya.