Akademi Militer Kekaisaran Barsburg dikenal sebagai tempat pelatihan para elit yang membawa kemenangan bagi kekaisaran. Siswa di akademi ini secara bebas menggunakan kemampuan yang disebut "Zaiphon" untuk bertempur, sementara jenis Zaiphon yang dapat digunakan tergantung pada sifat prajurit tersebut. Teito Klein, seorang siswa di akademi ini, adalah salah satu prajurit yang paling menjanjikan yang dihasilkan. Meskipun diejek oleh semua orang karena menjadi seorang sklave (bahasa Jerman untuk budak) tanpa kenangan masa lalunya, dia berteman dengan seorang siswa lain bernama Mikage. Saat mempersiapkan ujian akhir, Teito menemukan rahasia kelam yang berhubungan dengan masa lalunya. Ketika upaya untuk membunuh Ayanami, seorang pejabat tinggi yang membunuh ayahnya, gagal, Teito dikurung untuk menunggu hukuman. Hanya menginginkan yang terbaik untuk Teito, Mikage membantunya melarikan diri. Teito berakhir di Gereja Distrik ke-7 di mana dia diterima oleh para uskup. Di sinilah Teito berusaha menghindari cengkeraman Ayanami dan Militer, sehingga ia dapat menemukan kembali ingatannya dan mempelajari mengapa ia adalah orang yang dapat mengubah nasib dunia.