Pada suatu hari di bulan Desember yang dingin, Kyon tiba di sekolah dengan persiapan untuk tamasya bersama rekan-rekannya sesama anggota Brigade SOS. Namun, yang sangat mengejutkannya, dia menemukan bahwa hampir semuanya telah berubah total: Haruhi Suzumiya dan Itsuki Koizumi tidak dapat ditemukan; Mikuru Asahina tidak mengenalinya sama sekali; Yuki Nagato adalah manusia biasa; dan Ryouko Asakura secara misterius telah kembali. Meskipun dia tidak asing dengan hal-hal gaib, Kyon merasa terganggu dengan kejadian aneh ini dan memutuskan untuk menyelidiki sendiri.Mendapati dirinya menjadi satu-satunya orang yang mengetahui realitas sebelumnya, Kyon kini dihadapkan pada pilihan yang sulit: akhirnya menjalani kehidupan normal yang selalu diinginkannya, atau menemukan cara untuk memutar kembali jarum jam dan memulihkan dunianya yang kacau namun familiar.