Jika sebuah survei dilakukan untuk mengetahui apakah orang-orang percaya pada alien, penjelajah waktu, atau mungkin spider, sebagian besar akan mengatakan tidak; rata-rata siswa SMA Kyon menganggap dirinya termasuk orang yang tidak percaya. Namun, di hari pertama sekolahnya, dia bertemu dengan seorang gadis yang segera mengubah dunianya.Selama perkenalan di kelas, Haruhi Suzumiya yang cantik dengan berani mengumumkan kebosanannya dengan orang-orang "normal" dan niatnya untuk bertemu dengan makhluk gaib. Dengan tercengang, Kyon mengetahui rasa frustasinya dengan kurangnya klub yang berfokus pada paranormal di sekolah mereka dan tanpa disadari menginspirasinya untuk memulai klubnya sendiri. Dia menciptakan Spreading Fun All Over the World dengan Haruhi Suzumiya Brigade, atau dikenal sebagai SOS Brigade.Setelah Brigade SOS didirikan, Haruhi berhasil merekrut Kyon dan tiga anggota lainnya: kutu buku yang pendiam Yuki Nagato, anak kelas atas yang pemalu Mikuru Asahina, dan Itsuki Koizumi yang selalu bersikap positif. Meskipun terlihat normal, para anggota baru Brigade SOS ini masing-masing membawa rahasia mereka sendiri yang berkaitan dengan Haruhi. Terperangkap dalam misteri seputar pemimpin klub yang eksentrik, Kyon terbawa dalam serangkaian kesialan oleh Haruhi dan Brigade SOS, yang masing-masing membawanya lebih dekat pada kebenaran tentang siapa dan apa dia.