Suki demo Kirai na Amanojaku bercerita tentang Hiiragi Yatsuse, seorang siswa sekolah menengah pertama yang berjuang untuk mendapatkan teman meskipun ia berusaha untuk menyenangkan orang lain. Hidupnya berubah secara tak terduga ketika suatu hari di musim panas, dia bertemu dengan Tsumugi, seorang gadis oni (iblis) yang sedang dalam pencarian untuk menemukan ibunya di dunia manusia. Salju secara misterius mulai turun... dan petualangan mereka pun dimulai.