Pada suatu malam yang gelap, polisi Jepang diserbu oleh mata-mata. Badan intelijen dari berbagai negara-seperti MI6 Inggris, BND Jerman, dan CIA Amerika-serta berkas rahasia FBI akan diambil, tetapi petugas keamanan publik yang dipimpin oleh Tooru Amuro tiba tepat pada waktunya. Mata-mata tersebut mencuri sebuah mobil dan melarikan diri. Mata-mata dan Amuro kemudian terjebak dalam baku tembak di jalan raya, dan saat akan menyebabkan kecelakaan dengan beberapa mobil, mobil mata-mata itu terkena peluru senapan agen FBI Shuichi Akai dan jatuh di jalan raya. Keesokan harinya, Conan dan teman-temannya pergi ke akuarium yang baru saja direnovasi di Tokyo. Di bawah atraksi utama, bianglala, Conan menemukan seorang wanita yang menarik sendirian dan terluka. Mata kiri dan kanannya memiliki warna yang berbeda.Tapi wanita itu dalam keadaan amnesia di mana dia bahkan tidak ingat namanya sendiri, dan ponsel yang dibawanya rusak. Conan dan teman-temannya berjanji untuk membantunya mendapatkan kembali ingatannya, jadi mereka tinggal bersamanya.Selama semua ini terjadi, Vermouth mengawasi dari balik layar. Setelah itu, dia mengeluarkan peredam suara dan berbicara ke interkom yang terpasang, "Sudah sesuai rencana, Gin."