Lima belas tahun yang lalu, di sebuah hamparan Pasifik yang tandus, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan hilang di lautan. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro-seorang insinyur kapal-meninggal dalam kecelakaan mobil yang fatal. Hubungan yang tidak mungkin antara peristiwa-peristiwa ini hanya terungkap di kapal mewah St. Aphrodite selama pelayaran perdananya.Di atas kapal tersebut dalam liburan yang sangat dibutuhkan, Kogorou Mouri, putrinya, Ran, Conan Edogawa, dan Detective Boys menikmati perjalanan yang disediakan oleh keluarga Sonoko Suzuki. Namun, kesenangan mereka segera terhenti ketika permainan petak umpet menyebabkan hilangnya Sonoko. Beberapa waktu kemudian, CEO grup Yashiro, yang membangun St. Aphrodite, ditemukan tewas ditikam dan ayahnya hilang. Sementara penyelidikan polisi menemui jalan buntu, Conan mendekati pelakunya. Tidak ingin ditangkap, pelakunya mengancam akan meledakkan kapal St. Aphrodite dan menenggelamkan semua penumpangnya.Saat lambung kapal dengan cepat terisi air, kebenaran di balik pembunuhan penuh dendam itu akhirnya terungkap. Tanpa tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou harus bergulat dengan pelakunya yang sulit ditangkap sebelum semua orang di kapal terseret ke dasar laut.