Di bawah kegelapan, seorang samurai bertopeng membunuh lima orang di seluruh kota metropolitan Jepang: tiga orang di Tokyo, satu orang di Osaka, dan yang terakhir di Kyoto. Dalam penyelidikan mereka, polisi mengetahui bahwa setiap orang adalah anggota Genjibotaru-geng pencuri yang berpusat pada pencurian patung dan artefak Buddha dan menggunakan nama-nama pelayan Minomoto no Yoshitune. Tanpa motif yang jelas atau petunjuk tentang identitas anggota lainnya, kasus ini tidak membuahkan hasil hingga sebuah kuil di Kyoto memanggil Kogorou Mouri yang terkenal. Setelah menerima surat anonim yang berisi teka-teki aneh, para biksu kuil meminta bantuannya untuk memecahkannya demi menemukan kembali patung mereka yang telah lama hilang. Sementara itu, Conan Edogawa dan detektif SMA Heiji Hattori bekerja sama untuk memecahkan teka-teki samar dan menemukan pembunuhnya, saat Hattori mencari cinta masa kecilnya. Dengan pengetahuan Hattori tentang Kyoto, keduanya menjelajahi jalanan dan secara bertahap menemukan kebenaran, tetapi tidak sebelum si pembunuh menyerang lagi-membunuh anggota Genjibotaru lainnya dan, setelah berulang kali mencoba membunuh Hattori, akhirnya menculik kekasih masa kecil Hattori. Hanya dengan bekerja sama untuk mengungkap petunjuk yang terkubur, Conan dan Hattori berharap dapat mengakhiri pertumpahan darah samurai nakal dan menyelamatkan cinta Hattori.