Dengan kejadian aneh yang terjadi di Akademi Gadis Reien selama liburan musim dingin, Azaka Kokutou, seorang siswa dan penyihir magang, dikirim oleh gurunya untuk menyelidiki. Ternyata penyihir lain telah mencuri ingatan para siswa menggunakan peri yang, meskipun memiliki bakat sihir, tidak terlihat oleh Azaka. Jadi Shiki Ryougi, seorang kenalan dengan mata khusus yang dapat melihat apa yang tidak bisa dilihat Azaka, juga dikirim ke akademi untuk membantu mengatasi krisis tersebut.Namun, keduanya mengalami kesulitan untuk bergaul, terutama karena fakta bahwa Azaka memandang Shiki sebagai saingan romantisnya. Namun, ketika situasi peri dengan cepat menjadi tidak terkendali dan lebih banyak lapisan misteri yang terungkap, Azaka harus belajar untuk bekerja sama dengan Shiki untuk menyelamatkan teman-teman sekelasnya.