Melepaskan serangan mendadak yang dahsyat, para ninja terbang dari Negeri Langit berusaha membalas dendam terhadap musuh lama mereka, Konohagakure. Meskipun sangat ingin bergabung dalam pertarungan, Naruto Uzumaki tertahan oleh Shinnou, seorang dokter misterius yang membutuhkan bantuannya untuk menyelamatkan orang yang terluka. Saat mengantarkan orang yang terluka ke rumah sakit, Naruto mengalami pertemuan tak terduga dengan Amaru-seorang anak muda yang penuh badai dari desa tetangga yang putus asa mencari bantuan Shinnou.Sementara itu, ketika para penjajah mundur untuk memulihkan kekuatan mereka, Tsunade mengambil kesempatan untuk mengirim sebuah tim kecil termasuk Sai, Shikamaru Nara, dan Kakashi Hatake untuk menyerang markas mereka. Pada saat yang sama, dia menugaskan Naruto, Sakura Haruno, dan Hinata Hyuuga untuk menemani Shinnou dan Amaru dalam perjalanan mereka. Namun, selama waktu ini, Orochimaru memiliki rencananya sendiri: dia memerintahkan Sasuke Uchiha untuk membawakan dokter yang berspesialisasi dalam teknik reinkarnasi.Ketika kelompok pengawal secara tidak sengaja mengungkap kebenaran yang menyeramkan di balik serangan tersebut, rencana yang penuh gejolak mulai bergerak. Tetapi bahkan ketika dihadapkan dengan reuni yang tak terduga, Naruto tidak goyah dalam upayanya untuk mengakhiri peperangan dan dampak buruknya.