Saat musim gugur mendekati akhir, Chidori Yoshino, anggota Strega, menculik Junpei Iori. Sementara itu, Makoto Yuuki dan Pasukan Eksekusi Ekstrakurikuler Khusus (SEES) memusnahkan Manusia Gantung Arcana. Segera setelah itu, seorang playboy misterius bernama Ryouji Mochizuki pindah ke Kelas 2-F SMA Gekkoukan.Seolah-olah telah mencapai tujuan mereka, para anggota SEES percaya bahwa mereka telah terbebas dari pertempuran yang dengan kejam merenggut nyawa orang-orang yang mereka cintai. Namun, Tartarus dan Dark Hour terus ada, tidak terpengaruh oleh pemusnahan Shadow keduabelas. Bingung dengan kegagalan mereka yang nyata, SEES harus mengatasi pergulatan pribadi mereka dan menemukan untuk siapa mereka berjuang. Seiring dengan perjalanan pencarian jati diri Makoto dan Junpei, identitas Ryouji dan alasan di balik kebencian Aegis terhadapnya menjadi jelas.