Dua puluh ribu tahun setelah kejatuhan umat manusia, Bumi menyerah pada legiun makhluk rakus yang sekarang bebas berkeliaran di planet ini. Jauh di kedalaman ruang angkasa, anggota umat manusia terakhir yang masih hidup mengambang tanpa tujuan di dalam kapal yang sama dengan yang mereka gunakan untuk melarikan diri dari Bumi bertahun-tahun yang lalu. Dengan sumber daya pesawat yang semakin menipis, para pemimpin para penyintas harus memutuskan langkah ke depan: haruskah mereka terus bertaruh untuk menemukan planet lain yang mirip Bumi untuk dihuni, atau mempertimbangkan esai anonim yang berteori tentang apa yang mungkin merupakan satu-satunya kelemahan "Godzilla", yang memaksa sisa-sisa terakhir umat manusia keluar dari planet asalnya?Penulis esai kontroversial ini adalah Haruo Sakaki, seorang pria yang menyaksikan kematian orang tuanya karena Godzilla di usia muda, yang membuatnya memendam kebencian obsesif terhadap monster tersebut. Sekarang, dia menjadi ujung tombak operasi yang bertujuan untuk merebut kembali hak kesulungan umat manusia dari raja monster dan membunuhnya untuk selamanya. Namun, di samping umat manusia, Bumi telah mengalami perubahan drastis sejak kepergian mereka; Godzilla dan berbagai kemunculannya mungkin tidak seberapa jika dibandingkan dengan kegelapan yang mengintai di dalam hati para penyintas yang sangat erat.