Gintoki dan teman-teman Yorozuya-nya (atau lebih tepatnya, para karyawan yang menderita akibat pelanggaran ketenagakerjaan), Shinpachi dan Kagura, terus berusaha bertahan hidup di kota Edo yang futuristik dan penuh dengan alien. Mereka mengambil pekerjaan apa pun yang dapat mereka temukan sambil berusaha untuk tidak terlibat dalam sesuatu yang terlalu berbahaya. Namun ketika Katsura, pemimpin pemberontak Joui dan teman lama Gintoki, menghilang setelah diserang secara brutal oleh pembunuh tak dikenal, Shinpachi dan Kagura memulai investigasi atas keberadaannya dan identitas si penyerang. Sementara itu, Gintoki melakukan pekerjaan yang tampaknya tidak berhubungan: pandai besi Tetsuya meminta Gin untuk menemukan kembali pedang aneh dan kuat yang disebut Benizakura yang baru-baru ini dicuri.Ketika dua penyelidikan secara bertahap bersinggungan, kru Yorozuya menemukan diri mereka berada di tengah-tengah konspirasi besar yang bergantung pada sifat jahat pedang Benizakura. Gintoki memutuskan untuk bertarung langsung ke markas musuh, dan bersama dengan beberapa sekutu yang tak terduga, memulai salah satu pekerjaannya yang paling berbahaya.