Di Kota Fuyuki, Perang Cawan Suci Kelima akan segera dimulai dengan pertempuran panjang yang penuh darah, kematian, dan kesengsaraan. Rin Toosaka, seorang siswa SMA, telah melatih seluruh hidupnya untuk momen ini, untuk menjadi seorang magus yang mampu menjadi Master dalam perang. Memanggil Servant-nya yang dikenal sebagai Archer, Rin akhirnya menginjakkan kakinya ke dalam pertempuran.Menemukan bahwa salah satu kenalannya, Shirou Emiya, juga terlibat dalam perang, Rin menawarkan untuk membentuk aliansi untuk sementara waktu. Dan seiring kedekatan mereka berdua, Rin mulai belajar lebih banyak tentang nasib dan cita-cita Shirou. Namun demikian, tujuannya tetap sama: untuk memenangkan relik maha dahsyat yang dapat memenuhi keinginan mereka yang menang setelah perang - Cawan Suci.