SMA Otonokizaka telah diselamatkan! Meskipun harus mengundurkan diri dari Love Live!, upaya μ's mampu mengumpulkan minat yang cukup pada sekolah mereka untuk mencegah sekolah tersebut ditutup. Terlebih lagi, setelah acara pertama berakhir, Love Live! yang kedua diumumkan, kali ini di panggung yang lebih besar dari sebelumnya. Diberi kesempatan untuk penebusan, kesembilan gadis itu berkumpul sekali lagi untuk bernyanyi sepenuh hati dan meraih kemenangan. Namun, dengan semakin dekatnya akhir tahun ajaran, kelulusan tahun ketiga semakin dekat. Saat mereka berusaha untuk mencapai puncak Love Live!, mereka juga harus mempertimbangkan masa depan mereka dan memilih jalan apa yang akan diambil oleh grup. Meskipun pertanyaan apakah akan melanjutkan tanpa tahun ketiga atau bubar sangat membebani pikiran para anggotanya, μ's harus segera menemukan jawabannya dengan kelulusan yang sebentar lagi akan tiba. Love Live! School Idol Project Musim ke-2 melanjutkan kisah para gadis saat mereka tertawa, menangis, bernyanyi, dan menari dalam perjalanan mereka untuk menentukan masa depan grup mereka dan menaklukkan Love Live! dalam kesempatan terakhir mereka untuk menang bersama kesembilan gadis.