Kekaisaran Alzano adalah rumah bagi salah satu sekolah sulap paling terkemuka di dunia: Akademi Sulap Kekaisaran Alzano. Di sini, murid-murid muda yang ambisius menjalani pelatihan untuk menjadi pesulap yang kompeten. Sistine Fibel-seorang gadis bangsawan yang tegas-dan sahabatnya yang bermata cemerlang, Rumia Tingel, bersekolah di Akademi, bertekad untuk mengasah kemampuan sulap mereka. Namun, dunia mereka terguncang saat guru favorit mereka tiba-tiba pensiun dan Glenn Radar yang penuh teka-teki menggantikannya. Sikapnya yang malas dan acuh tak acuh terhadap kehidupan dan sihir dengan cepat membuatnya berselisih dengan teman-temannya. Terlebih lagi, kekuatan jahat yang tersembunyi di dalam tembok kekaisaran mulai aktif, dan Sistine, Rumia, dan Glenn mendapati diri mereka terperangkap dalam skema mereka. Rokudenashi Majutsu Koushi to Akashic Records mengisahkan tentang Sistine yang terpesona oleh Kastil Langit yang mengambang dan misterius, Rumia yang dihantui masa lalunya yang penuh masalah, serta Glenn yang mungkin lebih dari yang terlihat. Meskipun terlihat sangat berbeda di permukaan, mereka secara tak terduga terikat oleh sebuah benang takdir.