Ketika organisme luar angkasa yang dikenal sebagai "Savage" menyerang umat manusia, satu-satunya teknologi yang mampu melawan musuh adalah senjata yang dikenal sebagai "Hundred." Sebagai orang yang selamat dari serangan Savage, Hayato Kisaragi adalah seorang remaja yang memiliki tingkat kompatibilitas tertinggi dengan teknologi yang disebutkan di atas dan sebagai hasilnya, ia diundang untuk menguasai keahliannya di Little Garden, sebuah akademi militer bergengsi di atas sebuah kapal perang. Selama menjalani latihan yang intens untuk pertempuran yang akan datang, ia segera menarik perhatian beberapa teman perempuan dan terlibat dalam sejumlah insiden ketika ia mencoba bertempur melawan makhluk-makhluk yang sekarang mendiami Bumi dan mengancam keselamatannya.