Academy City berada di garis depan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, yang terkenal dengan pengembangan espers: mereka yang mampu menggunakan kemampuan manusia super yang mengubah aturan realitas. Yang paling kuat di antara mereka adalah Level 5, dan yang dikenal sebagai Accelerator berkuasa, bahkan setelah dilemahkan oleh cedera otak yang parah. Di sisinya ada seorang gadis muda yang dikenal sebagai Last Order, yang meskipun memiliki sikap dingin, dia memegang erat dan bersumpah untuk melindungi dengan cara apa pun. Meskipun Accelerator mungkin pulih dari cederanya, sisi gelap Academy City tidak pernah berhenti, sehingga dia mendapati dirinya tanpa sadar terperangkap di tengah-tengah konflik baru. Ketika seorang wanita muda misterius mendekati Accelerator untuk mengejar Last Order, esper dengan peringkat tertinggi ini dihadapkan pada organisasi berbisa yang telah mengakar di Anti-Skill, organisasi penjaga perdamaian Academy City. Dengan kekuatan berbahaya yang bergerak yang mengancam untuk menempatkan Last Order dan saudara perempuannya dalam bahaya, penjahat yang memproklamirkan diri sebagai penjahat ini bersiap untuk masuk ke dalam kegelapan sekali lagi.