Pada awal abad ke-21, sulap, yang selama ini dianggap sebagai cerita rakyat dan dongeng, telah menjadi teknologi yang tersistematisasi dan diajarkan sebagai keterampilan teknis. Di First High School, institusi untuk para pesulap, para siswa dipisahkan menjadi dua kelompok berdasarkan nilai ujian masuk mereka: "Blooms," mereka yang menerima nilai tinggi, ditugaskan ke Kursus Pertama, sementara "Weeds" adalah siswa cadangan yang ditugaskan ke Kursus Kedua.Mahouka Koukou no Rettousei mengisahkan kakak beradik, Tatsuya dan Miyuki Shiba, yang terdaftar di Sekolah Menengah Pertama. Setelah mengikuti ujian, Miyuki yang luar biasa ditempatkan di Kelas Satu, sementara Tatsuya diturunkan ke Kelas Dua. Meskipun nilai ujian praktik dan statusnya sebagai "Weed" menunjukkan bahwa dia tidak kompeten secara sihir, dia memiliki pengetahuan teknis yang luar biasa, kemampuan bertarung secara fisik, dan teknik sihir yang unik-menjadikan Tatsuya sebagai orang yang tidak biasa di sekolah menengah sihir.