Chiyo Sakura adalah seorang gadis SMA yang ceria dan jatuh cinta pada Umetarou Nozaki yang tidak tahu apa-apa. Yang sangat membingungkan Chiyo, saat ia menyatakan cinta kepada Nozaki yang dicintainya, Nozaki memberikan tanda tangan yang tidak dikenalnya. Ternyata, remaja laki-laki yang tabah ini sebenarnya adalah seorang mangaka shoujo yang disegani, yang menerbitkan dengan nama pena Sakiko Yumeno! Serangkaian kesalahpahaman membuat Chiyo menjadi salah satu asisten manga Nozaki. Sepanjang peristiwa lucu yang terjadi, dia berteman dengan banyak teman sekolahnya yang unik, termasuk rekan asistennya yang tampaknya tidak tahu malu, Mikoto Mikoshiba, dan "Pangeran Sekolah", Yuu Kashima. Gekkan Shoujo Nozaki-kun mengikuti Chiyo saat ia berusaha untuk membantu Nozaki dengan manga-nya dan berharap bahwa pada akhirnya ia akan menyadari perasaannya.