Setelah insiden Heath Oslo, keberadaan organisasi anti-teror AS-Jepang, CIRS, telah menjadi rahasia umum. CIRS telah dibangun kembali dari awal, dan fungsi-fungsi terselubungnya dipisah ke sebuah badan baru: SORD (Operasi Sosial, Penelitian dan Pengembangan).Tujuan dari SORD adalah untuk melatih generasi baru untuk mempertahankan negara dari ancaman di masa depan. Untuk itu, organisasi ini telah mendirikan serangkaian sekolah di seluruh penjuru negeri. Akademi Mihama, yang kurang lebih dibiarkan membusuk setelah ditutup secara tiba-tiba, telah diberi tujuan baru sebagai salah satu 'sekolah pelatihan spesialis'.Inkarnasi baru dari Akademi Mihama ini adalah rumah bagi sekelompok siswa yang beragam, yang setiap hari bekerja untuk mengasah keterampilan mereka yang tidak biasa - terkadang di tempat kerja. Mihama sekarang mempercayakan gadis-gadis yang tidak cocok untuk bersekolah di sana dengan senjata dan peluru tajam.Tanpa mempedulikan keselamatan diri mereka sendiri, para siswa ini berulang kali terjun ke dalam misi di luar hukum yang berbahaya - semuanya demi kebaikan dunia."Kami telah diberi tempat di dunia ini. Itu saja tidak cukup - tidak akan ada artinya hidup, jika hanya itu yang kita miliki... Tidaklah cukup hanya dengan dimanfaatkan oleh orang lain. Saya hidup dengan kekuatan saya sendiri, dan saya berjuang untuk bertahan hidup. Itulah satu-satunya cara bagi kita yang benar-benar berhasil melewatinya untuk menemukan pengampunan..."Tidak peduli seberapa besar kehidupan yang menghimpit mereka, masa depan apa yang menanti para gadis ini, yang telah memilih jalan senjata?